Die auch als Mukokutanes Lymphknotensyndrom bezeichnete Krankheit betrifft zunächst die Blutgefäße. Da sie aber den gesamten Organismus versorgen, sind bald auch andere Systeme in Mitleidenschaft gezogen. Die möglichen Symptome sind daher sehr vielseitig. Auffällig ist zunächst hohes Fieber, ohne dass das Kind die üblichen Anzeichen einer Erkältung oder anderen Infektion zeigt.
Auffällig sind hochrote Schleimhäute, insbesondere Lippen und Zunge. Man spricht von Lacklippen und Himbeerzunge. Gerötete Bindehäute oder Bindehautentzündungen, typischerweise ohne Eiterabsonderung, sind ebenfalls möglich. Daneben wird das Kawasaki-Syndrom häufig von Hautausschlägen ähnlich Masern, Windpocken oder Scharlach begleitet. Diese treten vorzugsweise an Brust, Bauch, Rücken, Handinnenflächen und Fußsohlen auf. Auch können die Lymphknoten geschwollen sein – meist im Halsbereich: Dies gilt als sicheres Zeichen für ein aktives Immunsystem aufgrund einer Entzündung.
Ihr Kind wirkt vermutlich abgeschlagen und apathisch, eventuell leidet es unter Gelenkschmerzen, Kopfschmerzen, Übelkeit und weiteren schmerzhaften Beschwerden, zeigt aber ansonsten keine typischen Symptome einer Erkältung oder Grippe. Schreitet die Erkrankung fort und zieht Organe in Mitleidenschaft, variieren die weiteren Symptome entsprechend.