Schon der Name verrät, worin die Shigellose ihre Ursache hat: Bei den Erregern handelt es sich um Bakterien der Gattung Shigella. Diese sind weltweit verbreitet und kommen vor allem beim Menschen vor. Die Erreger der Shigellose sind mit den Kolibakterien eng verwandt. Shigellen sind unbeweglich und empfindlich gegen Kälte sowie Austrocknung. Sie produzieren einen Giftstoff, ein sogenanntes Endotoxin, welches frei wird, wenn die Bakterien zerfallen. Das Endotoxin ist mitverantwortlich für die entzündliche Reizung der Darmschleimhaut.
Die Ansteckung erfolgt über eine Schmierinfektion, das heißt, die Bakterien werden fäkal-oral übertragen, zum Beispiel durch verunreinigtes Wasser. Die Infektionsquelle für die Shigellose ist der Stuhl infizierter Menschen. Über den Mund gelangen die Erreger dann in den Körper. Der Infektionsweg macht deutlich, dass eine unzureichende Hygiene für die Verbreitung der Krankheit eine große Rolle spielt.
Zumeist ist der direkte Kontakt zwischen Mensch und Mensch für die Erkrankung verantwortlich. Somit kann die Krankheit auch durch sexuelle Kontakte übertragen werden. Vor allem in wärmeren Ländern können zudem verunreinigte Lebensmittel, Gegenstände und verseuchtes Trinkwasser zu einer Ansteckung mit der Shigellose führen. Da die Erreger hochansteckend sind, also schon sehr wenige Erreger den Ausbruch der Krankheit hervorrufen, überträgt sich die Shigellose sehr schnell.